Hallo Maik,
das kannst du so machen. Für WDP ist das kein Problem, wenn der Zug zwischendurch unsichtbar ist. Du musst dann nur dafür sorgen, dass der Zug, wenn er wieder erkannt wird, einen Bremsweg hat, der lang genug ist, um ihn zum stehen zu bekommen. Je nach Geschwindigkeit, mit der er ankommt, würde ich entweder einen ausreichend langen Bremskontakt plus Stoppkontakt einrichten oder bei hohen Geschwindigkeiten vor dem Bremskontakt noch einen weiteren Kontakt (Streckenkontakt) hinzufügen, um ihn schon dort abzubremsen.