Hallo Hannes,
Leider sind Deine Angaben über das verwendete System (Zentrale, Booster usw.) etwas dürftig. Trotzdem versuche ich zu antworten (Intelliboxbezogen)
In der Anleitung zu den GBM von Uhlenbrock im Zusammenhang mit Boostern steht:
"Wird das Rückmeldemodul in einem Bereich der Modellbahnanlage verwendet, die von einem eigenen Booster gespeist wird, so muss für einen störungsfreien Betrieb darauf geachtet werden, dass die Masse des Boosters (Klemme 4) mit der Masse (Klemme 4) der Intellibox (TwinCenter/Power2) verbunden ist."
Die Buchse 4 entspricht dem Gleis-Masseanschluss, d.h., die Masseschiene muss nicht getrennt werden. Nur das Programmiergleis der IB, wenn in ein Bahnhofsgleis integriert (mit Umschalter), muss beidseitig (Masse und Strom) vom übrigen Anlagenfahrstrom getrennt werden!
So mache ich es und es funktioniert prima. Solltest Du nicht die IB haben, nehme ich an dass die Trennstellen nicht anders behandelt werden. Da werden sicher Märklin-Kollegen näheres sagen können.